Văn Yên là vùng đất được thiên nhiên và con người tạo nên những khung cảnh thiên nhiên đầy lãng mạn với những dãy núi hùng vĩ, những hang động nguyên sơ bí ẩn cùng nhiều dòng suối, dòng sông uốn lượn. Không khí trong lành và thoáng đãng bởi những cánh rừng nguyên sinh, những đồi quế xanh ngút tầm mắt.
Bên cạnh đó, Văn Yên còn là mảnh đất lưu giữ các giá trị văn hóa phi vật thể đặc sắc của đồng bào các dân tộc như lễ hội Lồng Tồng của dân tộc Tày, múa mừng cơm mới, múa Xẹ Xi của dân tộc Xa Phó, múa rùa, kèn lá, lễ cấp sắc của dân tộc Dao, tết rừng, múa khèn, múa Sênh tiền của dân tộc Mông… Đây điều kiện lý tưởng để Văn Yên phát triển du lịch tâm linh, du lịch sinh thái, du lịch văn hóa - lịch sử, du lịch cộng đồng.
Đến với Văn Yên, du khách có thể tìm thấy sự bình yên và ước nguyện những điều tốt đẹp ở ngôi đền cổ kính linh thiêng như đền Mẫu Đông Cuông - di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia. Tọa lạc tại tả ngạn thượng lưu sông Hồng, đền Đông Cuông thuộc địa phận thôn Bến Đền, xã Đông Cuông. Ngoài đền chính thờ Mẫu Thượng ngàn còn có miếu Cô, miếu Cậu và miếu Đức Ông. Qua tư liệu lịch sử, đền Đông Cuông được xây dựng vào thời Lê, là nơi thờ phụng những người có công với đất nước, được vua nhà Nguyễn trao 4 sắc phong.
Cùng với thờ Nhân Thần, đền Đông Cuông tôn thờ Mẫu Thượng ngàn, là Thánh Mẫu Đệ Nhị, thống soái trong các hàng chầu. Năm 2009, đền Đông Cuông được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch cấp bằng Di tích Lịch sử - Văn hóa cấp quốc gia, đồng thời cho phép phục hồi, tôn tạo khang trang. Hàng năm, ngoài tuần rằm, mùng một, đền Đông Cuông có hai lễ hội chính vào ngày Mão tháng Giêng mổ trâu trắng và ngày Mão tháng Chín mổ trâu đen tế thần.

Tế lễ trâu trắng tại lễ hội đền Đông Cuông, Văn Yên. (Ảnh: Thanh Miền)

Đặc biệt, đến với Đông Cuông, du khách còn được nghe, xem các làn điệu dân ca, dân vũ như hát then, múa xoè, múa xúc tép…, được thưởng thức các món ẩm thực đặc sắc tại làng văn hóa du lịch cộng đồng của thôn Cầu Có như: gà đồi, thịt lợn sạch, thịt nhím, cá nướng, cá lam, cơm lam, xôi ngũ sắc, xôi cốm… trong không gian yên tĩnh thanh bình của một vùng quê nông nghiệp thuần khiết. Đó là một phần trong tour du lịch cộng đồng để du khách được "ba cùng" với đồng bào Tày Khao thôn Cầu Có, hòa mình vào sinh hoạt dân gian truyền thống, giàu bản sắc.
Cách đền Đông Cuông khoảng 20 km về phía thượng huyện là đền Nhược Sơn - di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia. Đền tọa lạc trên một thế đất khá bằng phẳng bên bờ sông Hồng ở thôn Ngọc Châu, xã Châu Quế Hạ. Đền Nhược Sơn thờ Hà Khắc Chương - một võ tướng thời nhà Trần có công lớn trong trấn giữ vùng biên cương phía bắc, chống quân Nguyên Mông, góp phần làm nên chiến thắng oanh liệt của dân tộc ta vào cuối thế kỷ XIII.Đền Nhược Sơn một năm có hai lễ hội chính vào ngày 20/1 và ngày 20/9 (Âm lịch). Ngày lễ diễn ra tại đền với các nghi lễ cổ truyền và các trò chơi dân gian đặc sắc là nét sinh hoạt văn hóa tâm linh mang tính cộng đồng.
Cùng với các di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia, Văn Yên còn hệ thống các di tích được tỉnh Yên Bái xếp hạng di tích lịch sử - văn hóa cấp tỉnh như đền Trạng, xã Yên Thái thờ Trạng Lường - Lương Thế Vinh, đình Cả Mường A tại thôn Làng Chiềng, xã Ngòi A. Đình Cả Mường A được các triều đại phong kiến trao 5 sắc phong, các sắc phong Vua ban cho Đình thờ Tam vị Thượng Đẳng Thần, thờ thần Hộ quốc. Đình Mường A còn thờ các thủ lĩnh nghĩa quân người dân tộc Dao và Tày đã hy sinh trong thời kỳ đầu cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp.
Qua cầu Mậu A khoảng 200 mét là di tích đền Đại An thờ tam vị  Sơn Thần là Sơn Tinh, Cao Sơn và Quý Minh Đại Vương và thờ vọng Mẫu Đệ nhị Thượng ngàn. Qua cầu treo bắc qua Ngòi Thia trong xanh là đến đình Yên Phú thuộc xã Yên Phú.
Đình Yên Phú do người Tày xây dựng vào đầu thế kỷ XIX thờ Thành hoàng làng, một người Tày họ Hoàng đã có công đưa dân đến lập bản lập mường tại Yên Phú cách đây khoảng 400 năm. Dưới triều Nguyễn, đình Yên Phú được các đời vua Thành Thái, Duy Tân và Khải Định ban 4 sắc phong vào các năm 1889, 1909 và năm 1924.
Theo tuyến đường Yên Bái - Khe Sang, ngược lên vùng thượng huyện đến xã Lâm Giang là đến di tích đền Phúc Linh. Khởi đầu, đền Phúc Linh được đồng bào thiểu số xã Lâm Giang lập nên thờ trời đất, thần núi sông, thần sấm, thần sét, sau đó thờ Mẫu Thượng ngàn và Mẫu Thoải.
Trong cuộc chiến đấu chống quân Nguyên Mông lần thứ hai, võ tướng Hà Chương bị trọng thương, hy sinh ngay tại cửa ngòi Phúc Linh và được quân lính đưa sang an táng tại cửa thác Nhược Sơn. Để tưởng nhớ công ơn võ tướng Hà Chương, nhân dân Lâm Giang và các vùng phụ cận đã thờ phụng ngài trong đền. Đền Phúc Linh đã trở thành một điểm sinh hoạt tín ngưỡng tâm linh của cộng đồng các dân tộc xã Lâm Giang.
Bên cạnh các điểm du lịch văn hóa tâm linh, đến với Văn Yên, du khách sẽ được hòa mình vào thiên nhiên, tận hưởng phong cảnh hoang sơ của quần thể thác Khe Cam, thác Lâm An tại xã Ngòi A. Đặc biệt, Khu Bảo tồn thiên nhiên Nà Hẩu là một điểm đến thú vị cho những du khách ưa sự mạo hiểm, thích khám phá những bí ẩn từ thiên nhiên. Với diện tích trên 16 nghìn ha, Khu Bảo tồn thiên nhiên Nà Hẩu có hệ động thực vật còn khá nguyên vẹn, nhiều động thực vật quý hiếm được bảo tồn và phát triển, có khí hậu trong lành mát mẻ. Cảnh quan môi trường, hệ thống hang động, khe suối, thác nước và rừng tự nhiên đã tạo cho khu bảo tồn có cảnh quan hùng vĩ.
Tiếp đó, du khách sẽ được thả hồn trong khung cảnh hùng vĩ của núi rừng Phong Dụ với những thác nước ầm ào tuôn chảy, những dòng suối mát lạnh với khung cảnh vô cùng nên thơ, những ruộng bậc thang như đường lên mây. Đặc biệt, tại thôn 10, xã Phong Dụ Thượng còn có suối nước nóng nguyên sơ chưa được bàn tay con người khai thác, đây là một điểm du lịch sinh thái hấp dẫn nhiều du khách tìm đến để vui chơi giải trí với những trải nghiệm thú vị vào những ngày nghỉ cuối tuần. 
Với những tiềm năng du lịch đa dạng và phong phú, Văn Yên đang mở rộng cửa chào đón các nhà đầu tư, du khách thập phương. Một trong bốn nhiệm vụ trọng tâm năm 2014 được huyện Văn Yên quan tâm lãnh đạo đó là: phát triển du lịch trên địa bàn huyện, chú trọng phát triển du lịch cộng đồng, gắn với sản xuất sản phẩm hàng hóa để phục vụ du lịch, trong đó, thực hiện quy hoạch khu du lịch sinh thái Nà Hẩu, Ngòi A.
Để có những "cú hích" tương xứng với tiềm năng sẵn có, Văn Yên rất cần được các cấp, các ngành quan tâm đầu tư và khai thác đưa du lịch Văn Yên phát triển xứng với tiềm năng vốn có của huyện, đưa du lịch trở thành ngành kinh tế mũi nhọn trong cơ cấu kinh tế.